就当皇家近卫军团在朝鲜大胜的时候，大明国内的局势却开始不断恶化。
为了平定李自成之乱，崇祯皇帝于十六年六月让让张溥带着钱粮去陕西支援。然而，命运却有些不眷顾张溥。
张溥带着重金抵达开封的时候，已经升任河南布政使的黄澍建议张溥暂缓行军。此刻洛阳已经被李自成重新攻占，黄河水面也不再安全。黄澍上书南京，增援水师护送。
只是在张溥看来，此刻不进洛阳寻找孙传庭扭转时局更待何时？于是张溥执意进入陕西，只可惜，黄澍的预料不幸言中了。
张溥一头冲进去就被李岩组织人马俘获。到了这时张溥才发现，此刻不仅洛阳被李自成占据，就连整个关中也也岌岌可危。
十六年六月，朱慈烺渡海远攻将这一摊子交给崇祯皇帝后，眼见最后枷锁不在的李自成开始迅速行动了。他自己会同刘宗敏等统率农民军主力，由洛阳西攻潼关，向西安进发；同时派、白鸣鹤、刘体纯、蓝应诚带领右营十万兵马作为偏师，从河南邓县地区出发，从陕西商洛进军与李自成会师西安。
六月初，李自成大军接近潼关。总兵白广恩部扎营于关城外通洛川，总兵高杰部扎营于南门外西山头，孙传庭自己组织城中民壮守城。六月初六日，农民军从陶家庄进发抵达官坡，开始冲锋进攻。一战之下，高杰部连抵抗都没有就向西逃窜。白广恩部稍稍抵抗了一下就失败了，也顶不住，没多久望风而溃。此时，官军士卒的家属都在在关城里面，士卒们争先恐后地逃进关城，保家人夺门而出，各部慌乱，抵抗无处维持。由此，潼关告破。
唯一侥幸的是。慌乱之中，孙传庭和监军副使乔元柱得到魏云山率领百余锦衣卫精骑相助得以西逃。
潼关一破，通往西安的门户就打开了。李自成留马世耀镇守潼关，统兵继续前进。农民军到达渭南时。明朝知县杨暄籍子弟乘城固守，本县举人王命诰却开门迎接农民军入城。七月初十日，李过所部前锋攻克临潼县。次日到达西安城下。
此刻孙传庭虽然在西安，却苦于陕西上下兵马尽数失却，城内人心惶惶。路上竟然有人唱着十八子主神器的童谣，官府对此也无人敢管。
赶到西安的魏云山建议孙传庭留下城内五千川兵西去。孙传庭虽然答应考虑，却还希望苦守，于是向秦王朱存枢借钱为官军筹措军饷。依靠藩王尿性，朱存枢当然毫无悬念地拒绝了。孙传庭大失所望离开。守城副将王根子听闻后顿时决定投降李自成，约书李自成攻城。
还好魏云山消息畅快，将此消息报给孙传庭后，王根子被杀。这时，魏云山又爆出一个重磅消息，将朱慈烺留下来的命令公布。
原来。朱慈烺一早就有隐忧担心自己这个倒霉老爹根本撑不住陕西局势，将大明最后一个帅臣坑死，于是让锦衣卫千户魏云山亲自出手营救孙传庭。
当然，营救孙传庭也不能是胡乱营救，没头没脑没章法的，将人揪出来就完事。
作为皇太子，南京监国，朱慈烺要营救的格调就高多了。一纸命令藏在魏云山的怀里，只等孙传庭守不住西安了这才拿出来，上面给了孙传庭撤离西安的职权。
而且。这一道看似寻常的命令却成了后世大明史学家反复专研的重要材料，纷纷都说这一道军令展示了朱慈烺极高的军事素养和战略目光。
皇太子的命令上说道：“官军与贼军的力量实际上已经形成了逆转，陕西乃至整个西北在这样的战略势态下作战，不能再继续一城一地的得势。要开始反思朝廷在政治上的腐败。组织上的软弱无力，转移大明菁华之辈离开，保全己身。同时，你们接下来的战斗要着力于消灭李自成的有生力量。存人失地，人地皆存；存地失人，人地皆失。离开西安。舍弃大城，保全精干的力量，这是我给你们的权力！”
孙传庭收到命令后，泪流满面，久久无言。
一个时辰后，孙传庭却仿佛变了一个人一样，浑身散发着蓬勃朝气，整个人都显得新生一般，爆发了无穷的力量开始动员西安上下的将官士子，甚至连书院里的读书人都被组织了起来，动员这一场大转移。
他们将满城读书人，尤其是那些年轻朝气蓬勃的年轻士子、书籍、官府文书账册、粮米以及不多的金银都开始朝着秦风陇西等地转运。
一场轰轰烈烈的大搬家开始了。
七月二十一日，李自成率领农民军占领了西安。不愿意随同孙传庭离开的秦王朱存枢被活捉，配合孙传庭组织陕西文书账册百姓士绅离开西安的陕西巡抚冯师孔、按察使黄炯被得以撤退，没有死在城破之中。布政使陆之祺等则选择投降李自成。
李自成虽然只得到了人口下降众多几乎一座空城的西安，却也兴高采烈，立即着手安民，下令不得妄杀一人，误者将吏偿其命。一番措施下，李自成竟是迅速稳定了西安的局势。
与此同时，由等人统率的农民军右营，从河南南阳地区出发后，于六月十二日进抵陕西商州，十五日攻克该城，处死驱民顽抗的明朝商洛道黄世清。十七日，占领洛南县。会同李自成所统主力会师于西安。
至此，李自成亲率后营和刘芳亮所部左营组成的大军，向北追击明总兵高杰部官军，夺取陕北；田见秀率部南下汉中，追击总兵高汝利部，打通南下四川的孔道；刘宗敏等西向追击白广恩部官军，攻取宁夏、甘肃、西宁等地，追杀一路逃去的孙传庭。东面，则由李过驻守洛阳对抗皇家近卫军团的陈永福部。
当然，那时的陈永福还不知道自己会被调往京畿，变成宰辅与边疆将门对抗的棋子。
不多久，李自成统领刘芳亮部大军于八月到达延安。高杰一路奔逃，竟然最终跑去了江北，而且部下逃散亦是不多。不久，李自成改延安为天保府。米脂为天保县，清涧为天波府。
唯有陕北的榆林守军依旧是忠勇，继续抵抗。榆林是明代北边重镇之一，居民多隶军籍。以当兵为职业；出身将门的子弟也特别多。李自成一面派辩士舒君睿携带白银五万两招降榆林诸将，同时命刘芳亮率领大军七万随后进发，以便劝降不成即用武力攻取。
榆林总兵王定眼眼一番商议，决定与榆林道都任和、总兵王世钦、侯世禄、侯拱极、尤世威据城抵抗死守。按照原定历史，榆林一镇投降的投降。战死的战死，逃跑的逃跑，结局悲惨。但这个时空里，孙传庭却得到了监国皇太子殿下的命令，依据“存人失地，人地皆存；存地失人，人地皆失”的战略思想，自然不愿意这些还算有节操的将官丢失在这里，于是一纸令下，也准了他们西撤。