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太史慈守护刘繇败奔豫章，遁走于芜湖，逃入山中，而称丹杨太守。孙策击败刘繇一开始，百姓们听到孙郎兵到，都胆战心惊，魂消魄散，避之不及，官长们也往往丢弃城池，窜伏草莽之中。后来，人们渐渐发现，孙策大军所到之处，军士们严遵将令，不敢掳掠百姓，鸡犬菜茹，秋毫无犯。于是，百姓十分喜悦，争着用牛、酒犒劳部队。孙策劳赐将士，发布文告，晓谕下属各县：“刘繇、笮融的乡人和部下来投降的，一概不问；愿意从军的，可以从军，并免除全家赋税徭役；如果不愿从军，绝不勉强。文告发布后，来归附者由四面八方云集风涌，不长时间，就招得士兵两万多，征集得马匹一千多。袁术在寿春，得知孙策大胜，上表奏请孙策为殄寇将军。自此，孙策之名威震江东。不久，刘繇又放弃丹徒西逃，孙策遂东进夺取吴郡。
时有严白虎，自称东吴德王，据吴郡，遣部将守住乌程、嘉兴。当日白虎闻策兵至，令弟严舆出兵，会于枫桥。舆横刀立马于桥上。有人报入中军，策便欲出。张纮谏曰：“夫主将乃三军之所系命，不宜轻敌小寇。愿将军自重。”孙策谢道：“先生之言如金石；但恐不亲冒矢石，则将士不用命耳。”随遣韩当出马。比及韩当到桥上时，蒋钦、陈武早驾小舟从河岸边杀过桥里。乱箭射倒岸上军，二人飞身上岸砍杀。严舆退走。韩当引军直杀到阊门下，贼退入城里去了。孙策分兵水陆并进，围住吴城。一困三日，无人出战。策引众军到阊门外招谕。城上一员裨将，左手托定护梁，右手指着城下大骂。孙策就马上拈弓取箭，顾军将说：“看我射中这厮左手！”说声未绝，弓弦响处，果然射个正中，把那将的左手射透，反牢钉在护梁上。
城上城下人见者，无不喝采。众人救了这人下城。严白虎大惊说：“敌军有如此厉害人物，怎能抵挡住敌军！”遂商量求和。次日，使严舆出城，来见孙策。策请舆入帐饮酒。酒酣，问舆曰：“令兄意欲如何？”严舆曰：“欲与将军平分江东。”策大怒道：“鼠辈怎能敢与我平等！”命斩严舆。严舆拨剑起身，孙策飞剑砍之，应手而倒，割下首级，令人送入城中。严白虎料敌不过，弃城而走。孙策进兵追袭，黄盖攻取嘉兴。严白虎败走会稽，孙策得到凌统、凌操接应渡钱塘江。
会稽太守王朗得知孙策大军直逼会稽，决定坚守，会稽功曹虞翻劝太守王朗暂避孙策的锋芒，王朗不听，派人接住严白虎，发在固陵（浙江萧山县西）阻击孙策。孙策几次派程普等人从水上发动进攻，均未能奏效。孙策的叔父孙静献策，建议声东击西，从查渎进兵，出其不意，攻其不备。孙策大喜说：“叔父妙用，足破贼人了。”于是，夜里一面到处点燃火把，迷惑、牵制正面之敌，一面分出兵马悄悄从查渎出击。王朗出于意外，大惊，派周昕率兵仓猝迎战，孙策斩杀周昕，周军余部都投降，严白虎杀条血路，望余杭而走，被一人跳出斩下首级。孙策见有人持严白虎首级到来，问其姓名，那人会稽余姚人，姓董，名袭，字元代。孙策大喜，命为别部司马。长驱直入。王朗败溃，带虞翻乘船逃到东冶（今福建福州）。孙策攻王朗前，虞翻母去世，虞翻戴孝，不得已劝王朗避开孙策锋芒，现败走护送王朗到东冶侯官县长闭门不让王朗通过，虞翻上前劝告，才开门放他们进来。王朗对虞翻说：“你家里再有老母亲，你可以回家了。”王朗却在东治长官商升下起兵叛乱，孙策派遣永宁县县长韩晏兼任南部都尉，带兵讨伐商升，以贺齐为永宁县县长。韩晏击败商升，贺齐为南部都尉，带兵挺进福建。商升畏惧贺齐威名，派人前来请求订立盟约。贺齐因此告谕商升，向他陈述祸福利害关系，商升于是送上印绶，走出府邸请求投降。叛军头领张雅、詹强等人不愿商升投降，反而一起杀死商升，张雅自称无上将军，詹强自称会稽太守。叛军人多而贺齐兵少，无力前往征讨，于是贺齐驻军休息。张雅与他的女婿何雄两人争夺权势不相和睦，贺齐便令山越人借故让他们结怨，使他们猜忌对立，各自拥兵图谋对方。贺齐于是领兵进讨，一仗就大败张雅，詹强党羽震慑恐惧，率众出来投降。这是汉王朝第一次正式在福建地区立县。当时正是孙策“居会稽、屠东冶”，征服闽越故地，设立“建安”、“汉兴”、“南平”三县之时，贺齐是创立这三县的实施者。此时，原冶县（东冶）地就有了四个县，其中建安县（今建瓯）是以汉献帝年号命名的首个县份，在四县中地位居首。孙策鼓勇追击，王朗、虞翻投降，孙策派张昭劝王朗为他效命，但王朗坚决不肯，宅在家中。
孙策平定江东，任命吴景为丹阳太守，朱治为吴郡太守，自己兼任会稽太守，仍以虞翻为功曹。
还是公元196年，见孙策不断壮大且有独立的趋势，袁术便拉拢流窜到安徽等地的祖郎，让他鼓动山越共同对付孙策。而太史慈也占据泾县，自称为丹阳太守，阻遏孙策西进。公元197年（建安二年）至公元198年（建安三年），宣城以东均已归孙策所有，只有泾县以西未附。孙策要开拓豫章，西征黄祖，必须先拔掉这两根钉子。于是，他先进击陵阳（今安徽青阳县东南），擒获祖郎，又进击勇里（今安徽泾县西北）。
此时，孙策已经平定宣城以东一带，惟泾县以西有六县尚未平服。太史慈即进驻泾县，屯兵立府，为山越所附。周瑜令三面攻县，只留东门放走；离城二十五里，三路各伏一军，太史慈到那里，人困马乏，必然被擒。原来太史慈所招军大半是山野之民，不谙纪律。泾县城头，苦不甚高。当夜孙策命陈武短衣持刀，首先爬上城放火。太史慈见城上火起，上马投东门走，背后孙策引军赶来。太史慈正走，后军赶至三十里，却不赶了。太史慈走了五十里，人困马乏，芦苇之中，喊声忽起。慈急待走，两下里绊马索齐来，将马绊翻了，生擒太史慈，解投大寨。策知解到太史慈，亲自出营喝散士卒，自释其缚，将自己锦袍衣之，请入寨中说道：“我知子义真丈夫也。刘繇蠢辈，不能用为大将，以致此败。”太史慈见孙策待之甚厚，遂请降。
孙策见太史慈，即为其解缚，握著其手说：“尚记得神亭一战吗？如果卿当时将我生获，你会怎样处置我？”太史慈说：“不可知也。”孙策大笑，说道：“今后之路，我当与卿共闯。”即拜太史慈为门下督，还吴后授以兵权，拜折冲中郎将。此时刘繇接受许劭的建议逃到豫章（今江西省南昌县一带）投靠刘表，但当时豫章太守周术因病而死之后，太守之位悬空，以刘表的后援来说理应以诸葛玄（诸葛亮、诸葛瑾之叔父）成为太守，但是汉室朝廷却命朱皓（朱儁之子）为太守，导致为争夺豫章太守而有多次冲突，刘繇后来出兵协助朱皓当上太守，将诸葛玄赶回襄阳刘表身边。但笮融诈杀朱皓，于是刘繇又进攻笮融，首战被笮融击破，很快便聚集大军击破笮融，刘繇公元198年（建安三年），刘繇因病去世，享年42岁。孙策后来将刘繇安葬在其故乡东莱郡牟平，并且带回其遗孤。后世人认为这是因为刘繇是汉皇族的人，为拢络其势力而故意这样做，但也有些人认为这是因为刘繇生前因为清廉而有威望所致。陈寿评价为：“刘繇藻厉名行，好尚臧否。至于扰攘之时，据万里之士，非其长也。”太史慈部下士众万馀人无人可附，孙策便命太史慈前往安抚兵众。左右皆说：“太史慈必北去而不还了。”孙策却深具信心地说：“子义他舍弃了我，还可以投奔谁呢？”更替其饯行送别至昌门，临行把著太史慈的手腕问：“何时能够回来？”太史慈答道：“不过六十日。”果然如期而返。
江东便被平定。