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曹操处死孔融，引起了许都士族间轩然大波，但是曹操并不是很在意。对于孔融的厌恶不是一天两天的事情了，想到这个月，孔融再任太中大夫，本性宽容不猜忌别人，重视人才，喜欢诱导提拔年轻人。等到退任闲职，宾客天天满门，孔融常叹说：“座位上经常满人，木尊中酒不空，我就无忧了。”孔融与蔡邕交好，蔡邕死后，有个虎贲士相貌有点像蔡邕，孔融每次喝足了酒，招他与同坐，说：“虽然没有了老成人，而让我高兴的是还有典型。”孔融听说人家有善行，好像是自己做的一样，言语有可采取的，一定扩展完成，当面告诉人家所不足的地方，称赞他的长处。推荐贤士，奖励进取。如果他知道的，没有说，认为是自己的过错，所以海内的英才，都信服他。曹操既积满了一肚子的猜疑忌妒，郗虑又诬陷其罪，于是指使丞相军谋祭酒路粹枉奏孔融以“招合徒众”，“欲图不轨”、“谤讪朝廷”、“不遵超仪”等罪名，于同年的八月二十九日（9月26日）处死孔融，并株连全家，时年五十六岁。
之前，京兆人脂习，与孔融相好，曾劝诫孔融性格太过刚直。等到孔融被害时，许昌没有人敢为其收尸，脂习前往抚尸说：“文举丢下我死了，我也不再活了。”曹操听说大怒，准备收捕脂习杀害，后来逢赦免才被释放出来。自上个月曹操奏议朝廷废除司徒司马司空三公恢复汉初三公制之后，郗虑这个御史大夫便成了许都城内地位仅次于曹丞相的二号人物。然而郗虑之所以能够得到这份尊荣，并非是因为其有多么能干。一方面他是沾了自家姓氏族门的光，曹操需要他来平衡朝野对自己独秉军政事务的非议；另外一方面却是因为他“听话”。许都的文武大臣都知道，这位名义上可以与曹丞相平起平坐的御史大夫实际上不过是曹某人的一个传声筒罢了，指望着他来制衡曹操，倒还不如指望着黄狗能作人言。负责抄孔融家的是大理正钟繇和司马懿。荀彧对曹操说：“其实不应该处死孔文举。”
曹操问：“这是陛下的意思？”不是！”提到皇帝，荀彧的语气中颇带了几分恭敬。曹操处死孔融后就意识到自己这样做可能会导致天下人都认为孔圣人之后实际上并不站在代表朝廷名义的曹操一边，反倒站在目前背负着叛逆之名的刘备一边，这对于曹操吞并荆州统一天下的大计实在是个绝大的打击。对于即将展开对荆州军事行动的曹操而言，当然不愿意在这个时候因为这样一个无足轻重的小人物而引起天下的疑惧和不安。但是这层用心却实在不好宣之于口，哪怕是对着如钟繇、荀彧这样可托以腹心的僚属大臣，曹操也不愿意承认自己在天下人心目中的形象不如那个冒牌皇叔。对于这一点，不但荀彧和郗虑洞若观火，就连刚刚入值丞相幕府不久的司马懿都看得明明白白。
司马懿，字仲达河内郡温县孝敬里（今河南焦作市温县）人。司马懿的高祖司马钧为汉安帝时的征西将军，曾祖司马量为豫章太守，祖父司马隽为颍川太守，父亲司马防为京兆尹。司马防育有八子，因字中都有一个“达”字，当时号称司马八达。此时，哥哥司马朗已经担任过司空掾属，后提升为成皋县令，不久便去世了。南阳太守杨俊素以知人善任著称，司马懿二十岁前，杨俊曾见过他，说他绝非寻常之子；尚书崔琰与司马懿的兄长司马朗交好，曾对司马朗说：“你弟弟聪明懂事，做事果断，英姿不凡，不是你所能比得上的”。
司马懿少年时和著名隐士胡昭关系很好。因与同郡的周生等人结怨而被谋害，胡昭知道后立刻涉险寻找，在崤山渑池之间找到周生一行，请求他们放过司马懿，周生开始不肯，但胡昭哭泣的诚意最终还是感动了他，救下司马懿。
公元201年（建安六年），郡中推举他为上计掾。时曹操正任司空，听到他的名声后，派人召他到府中任职。司马懿见汉朝国运已微，不想在曹操手下，便借口自己有风痹病，身体不能起居。曹操不信，派人夜间去刺探消息，司马懿躺在那里，一动不动，像真染上风痹一般。
公元208年（建安十三年），曹操为丞相以后，使用强制手段辟司马懿为文学掾。曹操对使者说，“若复盘桓，便收之”。司马懿惧之，就这样进了丞相府。曹操让他与太子往来游处，历任黄门侍郎、议郎、丞相东曹属、丞相主簿等职。
曹操只好以“不孝之罪”告诉世人来处死孔融一家。荀彧肃然对曹操说：“荆州兵弱民富，此帝业之资也，故此刘玄德、孙仲谋辈日夜觊觎，图谋之以抗王化。兵弱则不善矢刃，民富而易生龃龉，刘景升抚治荆州二十余载，广有爱民之贤名，殊非易事。斯民安逸已久，初遭兵祸，自然难免以怨声加于王师。荆州事不同冀州，冀州生民苦于袁氏*久矣，盼王师如渴甘霖，大乱之后，大治是自然而然之事；而荆州截然相反，刘表行仁政，士族黎庶咸归附之，人心在彼而不在我。故荆州之地，若不能妥善抚慰，施以政治之道，虽有亦不免复叛；简而言之，荆州之事不在攻城而在于攻心，能不战而屈人之兵，为上上策。彧特谏丞相，此番南征，无论其地降否，须得严肃军纪，严禁大索屠城。只有收得荆州的人心，才是真正拥有了荆州！”
曹操闻言，含笑点了点头：“屠城是某昔时年少轻狂时的作为，有伤圣道，亦干于天和；这一遭即便没有文若谏言，老夫也绝不忍将此等惨绝人寰之事加诸九郡生民！”
荀彧淡淡一笑，继续道：“荆州若下，丞相免不得在襄阳和江陵暂驻幕府行营。荆州不比中原，北方诸州苦于战乱，流民百万饿殍千里，无主之田遍布四方；荆州多年未经战乱，无主的田土极少，故而丞相在青州和冀州施行之耕筑之法，不可照样画于荆州……”
“这个自然，道之所存，正在一个‘变’字上，老夫岂是不知变通之辈？”曹操笑着对荀彧说道。
“丞相自然晓得内中利害，但留守荆州为丞相抚治地方的官吏牧守便未必了……”荀彧毫不客气地打断了曹操的表白，用极犀利的言辞冷然道：“故而彧给丞相的第二谏便是楚人治楚，不要留下一个与当地士族黎庶不和的牧府以遗来日之祸患！”
“荀侯之言乃天下大计，丞相纵然不喜士族豪强把持地方之弊政，亦得来日方长徐图变之，若操之过急，则大兵北还之日，便是九郡复叛之时。”坐在下首的司马懿款款言道。
曹操本来听了荀彧的话心中颇为不快，待听了司马懿的话，不禁笑道：“图西川或者下江东，荆州都是必经之地，在那里驻大兵是必然的事情。所谓‘大兵北还之日’，恐怕是天下重归王化之时了！仲达这是不知兵者之言。”
司马懿淡淡一笑：“若丞相不纳荀侯之言，恐怕图西川也好，下江东也罢，均不过是镜中水月罢了……”
曹操的脸色沉了下来：“仲达此说，又做何解？”