【总理衙门的机构编制】
该衙门直属机构有英国、法国、俄国、美国、海防五股，另有司务厅、清档房、电报处等机构，下属机构有同文馆、海关总税务司署，还管辖南、北洋通商大臣，选派出国公使等，也有自己的银库。具体主管事务如下：
主要直属机构：
英国股主办与英国、奥地利两国交涉事务，兼办各口通商及各关税事务等事；法国股主办与法国、荷兰、西班牙、巴西四国交涉事务，兼办管理保护教民及招用华工等事；俄国股主办与俄国、日本两国交涉事务，兼办陆路通商、边防疆界、外交礼仪、本衙门官员的考试任免、经费开支等事；美国股主办与美国、德国、秘鲁、意大利、瑞典、挪威、比利时、丹麦、葡萄牙交涉事务，兼管海防设埔，保护华工等事；海防股主办南北洋海防，包括长江水师、北洋海军、沿海炮台、船厂以及购置轮船、枪械、制造机器和置办电线、铁路、矿务等事。中日甲午战争后改名日本股。
司务厅主管收发文件、呈递折件等秘书性质的事务工作；清档房主管缮写文件及保管档案等工作；电报处主管翻译电报等工作。
主要下属机构：
总理衙门下设南、北洋通商大臣。最初南北洋大臣为专职，由买办化的官僚薛焕、崇厚任职，后分别由两江总督和直隶总督兼任。但是，北洋通商大臣、南洋通商大臣与总理衙门在业务上的关系是平行的，只是在遇到疑难问题时，可与总理衙门咨商，由总理衙门备顾问和代奏朝廷。
组织体制：
总理衙门的组织体制，“一切均仿照军机处办理”。设总理大臣三员至十几员不等，由亲王一人总领，其余称大臣、大臣上行走、大臣学习上行走等；另设总办章京、帮办章京、章京若干人。
其中官员分总理和章京两级。大臣由一亲王总领，即为首席大臣。其他大臣则由军机大臣、大学士、尚书、侍郎、京堂中指派委任，统称“总署大臣”。章京分为四级，从内阁、部院、军机处的司员中挑选，最初满汉各8人，以后人数逐渐增加。
【内务府】
内务府是清朝管理宫廷事务的机构。为清代特有，始设于顺治初年。至顺治十一年（1654）仿明制改内务府为十三衙门；十八年，裁十三衙门，复设内务府。自此遂为定制。
内务府的组织渊源于满族社会的包衣（奴仆）制度，其主要人员分别由满洲八旗中的上三旗（即镶黄、正黄、正白旗）所属包衣组成。最高长官为总管内务府大臣，初为三品衙门，雍正十三年(1735)升为正二品，由皇帝从满洲王公、内大臣、尚书、侍郎中特简，或从满洲侍卫、本府郎中、三院卿中升补。凡皇帝家的衣、食、住、行等各种事务，都由内务府承办。内务府直属机构有7司3院。
广储司，设总办郎中、郎中、主事、委署主事、笔帖式、书吏，掌内府库藏，领银、皮、瓷、缎、衣、茶六库。
都虞司，设郎中、主事、委署主事、笔帖式、书吏，掌内务府武职官铨选及畋鱼之事。
掌礼司，设郎中、员外郎、主事、赞礼郎、司俎官、司祝、司香、司碓、笔帖式、书吏、掌内廷礼乐及考核太监品极。
会计司，设郎中、员外郎、六主、委署主事、笔帖式、书吏，掌内务府出纳及庄园地亩之事。先用宫女、太监，亦由该司管理。
营造司，设员同掌仪司，掌宫庭修缮工程。
庆丰司，设员同掌仪司掌牛羊畜牧之事。
慎行司，设员同掌体育馆事，掌审谳上三旗刑狱案件。
上驷院，设兼管大臣、卿、堂主事、笔帖式、下分左右二司，有郎中、员外郎、主事、委署主事，掌御用马匹。
武备院，设兼管大臣、卿、郎中、主事、委署主事、笔帖式、书吏，掌制造器械。
奉宸院，设总理大臣、卿、郎中、员外郎、主事、良署主事、苑丞、苑副、委署苑副、笔帖式、书吏，掌景山、三海、南苑等处的管理、修缮。天坛斋宫，亦由奉宸院管理。圆明园、畅春园、万寿山、玉泉山、香山、热河行宫、汤泉（今昌平县东小汤山）行宫、盘山（今蓟县西北）行宫、黄新庄、（今良乡北）行宫，因与皇帝驻骅有关，俱归内务府委官管理。
此外，内务府还管辖有三大殿，管理慈宁宫、寿康宫处，御药房、寿药房，文渊阁，黄武殿修书处，御书处，养心殿造办处，咸安宫官学，景山官学，敬事房等。其中敬事房为管理宫内宦官的机构。