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黄巾的叛乱还在继续，大将军何进派遣的皇甫嵩和卢植以及其他官军还在镇压，此时张角已死（公元184年病逝）于冀州，张宝和张梁都被官军打败，幽州刺史郭勋、广阳太守刘卫在镇压叛军时被杀，黄巾残余部队还在抵抗之中。
何进为职的大将军，率左右羽林五营士屯于都亭，整点武器，镇守京师；又自函谷关、大谷、广城、伊阙、轘辕、旋门、孟津、小平津等各京都关口，设置都尉驻防；下诏各地严防，命各州郡准备作战、训练士兵、整点武器、召集义军。
皇甫嵩上谏要求解除党群，拿出皇宫钱财及西园良马赠给军士，提升士气，而吕彊又对灵帝上言：“党锢之祸积怨日久，若果与黄巾合谋，恐怕已经无救了。汉灵帝接纳提案，在壬子日大赦党人，发还各徙徒，要求各公卿捐出马匹、弓弩，推举众将领的子孙及民间有深明战略的人到公车署接受面试。
而另一方面又发精兵镇压各地乱事：卢植领副将宗员率北军五校士负责北方战线，与张角主力周旋；皇甫嵩及朱儁各领一军，控制五校、三河骑士及刚募来的精兵勇士共四万多人，讨伐颍川一带的黄巾军，朱儁又又上表召募下邳的孙坚为佐军司马，带同乡里少年及募得各商旅和淮水、泗水精兵，共千多人出发与朱隽军连军。庚子日，张曼成攻杀南阳郡守褚贡，响应张角。
官军在首战并未得利，于4月，朱儁军就被黄巾波才所败而撤退，皇甫嵩唯有与他一起进驻长社防守，被波才率大军围城，官军人少，士气低落。又汝南黄巾军在邵陵打败太守赵谦，广阳黄巾军杀死幽州刺史郭勋及太守刘卫，黄巾军并未因汉室的动作而有败退的迹象。
5月，京师见皇甫嵩被围，派曹操率军救援。不过援军未到时，皇甫嵩已心生一计，在傍晚时份吹起大风，皇甫嵩命士兵手持火把暗暗出城，利用黄巾军营寨周围的杂草，用火攻大破敌人，大呼进攻，城上亦举出火把响应，皇甫嵩以鼓助战，冲入敌阵，黄巾军大乱，四处奔走。又遇上曹操的援军，被皇甫嵩、朱隽和曹操三面夹击，斩杀数万人，官军大胜。
6月，南阳太守秦颉与张曼成战斗，斩杀了张曼成。黄巾军便改以赵弘为帅，以十多万人占据宛城。而皇甫嵩与朱隽军继续进击汝南、陈国的黄巾，追击波才到阳翟，最后在西华大败彭脱，余军想逃到宛城，但孙坚登城先入，众人蚁附般推进，大破敌军，成功讨平豫州一带的黄巾军。另一方面，卢植数战间大破张角，斩杀万多人。
张角唯有撤到广宗，卢植建筑拦挡、挖掘壕沟，制造云梯，将可攻下城池。正值灵帝派左丰视察军情，有人劝卢植贿赂左丰，但卢植不肯，左丰便向灵帝诬告卢植作战不力。灵帝大怒，用囚车徵卢植回京。京师唯有下诏再重新调整：皇甫嵩北上东郡；朱隽则攻南阳的赵弘；而以董卓代替卢植。而同样宗教形式的五斗米道在巴郡叛变，领导人「五斗米师」张修攻打郡县，但未受到汉室重视。朱隽与荆州刺史徐璆及秦颉共一万八千兵围攻赵弘，但6月至8月也不能攻克，京师有奏议徵朱隽回师，幸而张温上表说情，灵帝才不行。但朱隽仍急攻赵弘，赵弘被杀，由韩忠代替，朱隽又因兵少不敌，建筑阵垒，堆砌土山观望城内。朱隽军鸣鼓攻打西南，黄巾军被引开，朱隽则亲率五千精兵掩杀东北，偷袭敌人后方，攻入城池，韩忠唯有退保内城。
黄巾军受挫，士气低迷，向汉军乞降。张超、徐璆和秦颉都认为可以接受，但朱隽认为如接受的话，会给百姓有利为贼，无利乞降的错误观念，便不接受并急攻敌军，可是数战也不能攻克，朱隽登上土山观望黄巾军，明白黄巾军没有退路，而尽力一战，所以未能攻克。朱隽便解开围军，韩忠果然出战，被朱隽大破，朱隽向北追击韩忠数十里，斩杀万多人，韩忠投降，秦颉一向与韩忠不和，便将他杀死。这举动反令黄巾军不安，又推孙夏为帅屯兵宛中城。朱隽再次急攻，于11月癸巳日，孙夏败走，汉军追至西鄂精山，又被大破，斩杀孙夏及万多人，黄巾军解散，平定宛城一带。185年春天，班师回京。
另一方面，皇甫嵩于8月到达东郡仓亭，大破、生擒卜己，斩杀七千多人。而董卓进攻张角不成功，无功而还，便在乙巳日要求皇甫嵩继续北上。不过，张角已经病死，在10月于广宗便和张梁战斗，张梁军犟，于首战不能攻克。在明日，皇甫嵩闭营与士兵休息，另一方面派人观察敌军举动，黄巾军战意稍为松懈，皇甫嵩便乘夜率兵，在黎明时份突袭敌阵，战至下午，成功大破敌军，斩杀张梁及三万多人，于逃走到河堤时溺死的也有五万多人，焚烧车辎三万多辆，虏获人数甚多。而张角则被破棺戮尸，运首级回京师。11月，皇甫嵩与巨鹿太守郭典攻打下曲阳，成功斩杀张宝，俘虏十多万人。黄巾之乱平息。
此时，十常侍和何进的矛盾越来越大，于公元188年被灵帝任命为西园八校尉的中军校尉虎贲中郎将的袁绍、典军校尉曹操等人已经成为何进的得力手下。
董太后尝劝帝董太后尝劝帝立皇子协为太子。帝亦偏爱协，欲立之。当时病笃，中常侍蹇硕奏曰：“若欲立协，必先诛何进，以绝后患。”帝然其说，因宣进入宫。进至宫门，司马潘隐谓进曰：“不可入宫。蹇硕欲谋杀公。”进大惊，急归私宅，召诸大臣，欲尽诛宦官。座上一人挺身出曰：“宦官之势，起自冲、质之时；朝廷滋蔓极广，安能尽诛？倘机不密，必有灭族之祸：请细详之。”
进视之，乃典军校尉曹操也。进叱曰：“汝小辈安知朝廷大事！”正踌躇间，潘隐至，言：“帝已崩。今赛硕与十常侍商议，秘不发丧，矫诏宣何将军进宫宣何国舅入宫，欲绝后患，册立皇子协为帝。”说未了，使命至，宣进速入，以定后事。操曰：“今日之计，先宜正君位，然后图贼”
进曰：“谁敢与吾正君讨贼？”一人挺身出曰：“愿借精兵五千，斩关入内，册立新然后图进曰：“谁敢与吾正君讨贼？”一人挺身出曰：“愿借精兵五千，斩关入内，册立新君，尽诛阉党，扫清朝廷，以安天下！”何进看时原来是四世三公的袁绍，何进大喜，遂点御林军五千给袁绍，自己跟何苗等人，相继而入就灵帝棺木前，扶立太子辩即位。
百官呼拜已毕，袁绍入宫收蹇硕。硕慌走入御园，花阴下为中常侍郭胜所杀。硕所领禁军，尽皆投顺。绍谓何进曰：“中官结党。今日可乘势尽诛之。”张让等知事急，告知太后。后曰：“始初设谋陷害大将军者，止赛硕一人，并不干臣等事。今大将军听袁绍之言，欲尽诛臣等，希望娘娘保我等。”何太后曰：“汝等勿忧，我当保你。”传旨宣何进入。太后密谓曰：“我与汝出身寒微，非张让等，焉能享此富贵？今蹇硕不仁，既已伏诛，汝何听信人言说，想杀尽宦官呢？”何进听罢对众人说：“蹇硕设谋害我，可族灭他的家，其余就不要伤害了。”袁绍曰：“若不斩草除根，必为丧身之本。”进曰：“我意已决，你勿多言。”
众官皆退。次日，太后命何进参录尚书事，其余皆封官职。董太后宣张让等入宫商议说：“何进之妹，始初我抬举他。今日他孩儿即皇帝位，内外臣僚，皆其心腹：威权太重，我将如何？”让奏曰：“娘娘可临朝，垂帘听政；封皇子协为王；加国舅董重大官，掌握军权；重用臣等：大可图矣。”董太后大喜。次日设朝，董太后降旨，封皇子协为陈留王，董重为骠骑将军，张让等共预朝政。何太后见董太后专权，于宫中设一宴，请董太后赴席。酒至半酣，何太后起身捧杯再拜曰：“我等皆妇人也，参预朝政，非其所宜。昔吕后因握重权，宗族千口皆被戮。今我等宜深居九重；朝廷大事，任大臣元老自行商议，此国家之幸也。愿垂听焉。”董后大怒曰：“汝鸩死王美人，设心嫉妒。今倚你的儿子为君，与你的兄长何进之势，辄敢乱言！我敕骠骑断你兄长的头，如反掌！”何后亦怒曰：“我以好言相劝，为何反怒？”董后曰：“你家屠夫小辈，有何见识！”两宫互相争竞，张让等各劝归宫。何后连夜召何进入宫，告以前事。何进出，召三公共议。来早设朝，使廷臣奏董太后原系藩妃，不宜久居宫中，合仍迁于河间安置，限日下即出国门。一面遣人起送董后；一面点禁军围骠骑将军董重府宅，追索印绶。董重知事急，自刎于后堂。家人举哀，军士方散。张让、段珪见董后一枝已废，遂皆以金珠玩好结构何进弟何苗并其母舞阳君，令早晚入何太后处，善言遮蔽：因此十常侍又得近幸。
六月，何进暗使人鸩杀董后于河间驿庭，举柩回京，葬于文陵。进托病不出。司隶校尉袁绍入见进曰：“张让、段珪等流言于外，言公鸩杀董后，欲谋大事。乘此时不诛阉宦，后必为大祸。昔窦武欲诛内竖，机谋不密，反受其殃。今公兄弟部曲将吏，皆英俊之士；若使尽力，事在掌握。此天赞之时，不可失也。”进曰：“且容商议。”左右密报张让，让等转告何苗，又多送贿赂。苗入奏何后云：“大将军辅佐新君，不行仁慈，专务杀伐。今无端又欲杀十常侍，此取乱之道也。”后纳其言。少顷，何进入白后，欲诛中涓。何后曰：“中官统领禁省，汉家故事。先帝新弃天下，尔欲诛杀旧臣，非重宗庙。”何进本是没决断之人，听太后言，唯唯而出。袁绍迎问曰：“大事若何？”何进曰：“太后不允，如之奈何？”袁绍说：“可召四方英雄之士，勒兵来京，尽诛阉竖。此时事急，不容太后不从。”进曰：“此计大妙！”便发檄至各镇，召赴京师。主薄陈琳曰：“不可！俗云：掩目而捕燕雀，是自欺也，微物尚不可欺以得志，况国家大事乎？今将军仗皇威，掌兵要，龙骧虎步，高下在心：若欲诛宦官，如鼓洪炉燎毛发耳。但当速发雷霆，行权立断，则天人顺之。却反外檄大臣，临犯京阙，英雄聚会，各怀一心：所谓倒持干戈，授人以柄，功必不成，反生乱矣。”何进笑曰：“此懦夫之见也！”傍边一人鼓掌大笑曰：“此事易如反掌，何必多议！”视之，原来是曹操。曹操当日对何进曰：“宦官之祸，古今皆有但世主不当假之权宠，使至于此。若欲治罪，当除元恶，但付一狱吏足矣，何必纷纷召外兵乎？欲尽诛之，事必宣露。吾料其必败也。”何进怒曰：“孟德亦怀私意耶？”操退曰：“乱天下者，必进也。”进乃暗差使命，赍密诏星夜往各镇去。